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 Eurogenes Global 25

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Gil Vicente

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PostSubject: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeWed Jun 19, 2019 9:35 pm

Este thread serve para discutir tudo o que seja relacionado com o Global 25 do Eurogenes.
Começo pelo meu "Europe scaled plot":

Eurogenes Global 25  117d7bc
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Viriato

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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeThu Jun 20, 2019 12:22 am

Essa sample Romana encontrada na Alemanha é a tal que desconfiam ser de um legionário Hispánico?
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Gil Vicente

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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeThu Jun 20, 2019 12:27 am

Viriato wrote:
Essa sample Romana encontrada na Alemanha é a tal que desconfiam ser de um legionário Hispánico?

Sim é o tal que tem como número um no Oracle, Spanish_Cantabria. Talvez fosse ibérico, talvez fosse da gasconha. Difícil de dizer.
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeThu Jun 20, 2019 12:30 am

Gil Vicente wrote:
Viriato wrote:
Essa sample Romana encontrada na Alemanha é a tal que desconfiam ser de um legionário Hispánico?

Sim é o tal que tem como número um no Oracle, Spanish_Cantabria. Talvez fosse ibérico, talvez fosse da gasconha. Difícil de dizer.

Por acaso tenho mesmo curisiodade em fazer um PCA desses...
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Jun 21, 2019 12:29 am

Eurogenes Global 25  4yQ4slJ

Com o programa Past e as minhas coordenadas lá consegui fazer o PCA. "Pintei" também os clusters de algumas populações para perceber melhor de quem eu estou perto.

Dot preto: Viriato (Eu)

Dots e linhas vermelhas: Samples e cluster Português

Dots e linhas roxas: Samples e cluster Galego

Dots e linhas verdes: Samples e cluster Múrcia

Dots e linhas laranja: Samples e cluster Extremadura
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Incógnita

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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Jun 21, 2019 12:34 am

Eurogenes Global 25  ZPHErZJ

I'm the black dot.


Last edited by Incógnita on Sat Jun 22, 2019 7:06 pm; edited 1 time in total
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Ruderico

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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Jun 21, 2019 9:57 am

Mais vale usarem um PCA sem coordenadas scaled, apesar de não fazer uma diferença por aí além
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Jun 21, 2019 12:02 pm

Ruderico wrote:
Mais vale usarem um PCA sem coordenadas scaled, apesar de não fazer uma diferença por aí além

Bem vindo rapaz!

Tenho de experimentar com unscaled. Eu com o Past já sei trabalhar minimamente mas ainda não percebi muito bem como é que nós adicionamos as nossas coordenadas ao datasheet. Eu já tentei e aquilo nunca fica bem parametrizado, só consigo inserir manualmente no Past (o que dá muito mais trabalho e corro sempre o risco de digitar um número mal).

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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Jun 21, 2019 2:38 pm

Viriato wrote:
Ruderico wrote:
Mais vale usarem um PCA sem coordenadas scaled, apesar de não fazer uma diferença por aí além

Bem vindo rapaz!

Tenho de experimentar com unscaled. Eu com o Past já sei trabalhar minimamente mas ainda não percebi muito bem como é que nós adicionamos as nossas coordenadas ao datasheet. Eu já tentei e aquilo nunca fica bem parametrizado, só consigo inserir manualmente no Past (o que dá muito mais trabalho e corro sempre o risco de digitar um número mal).

Obrigado


Fazer este plot com coordenadas escaladas nem sequer faz sentido porque o objectivo da transformação de coordenadas é reduzir o ruído existente nas maiores dimensões das amostras antigas - de uma forma muito crude e pouco científica porque amplia umas coordenadas e virtualmente apaga outras, isso desvirtua a informação extraída directamente da rawdata, mas pronto. Num plot só com amostras modernas o scaling não vale a pena usar, nos modelos também é metodologicamente pouco justificável, mas talvez resulte em modelos com amostras muito antigas (EEF, WHG, etc).
Seja como for eu nunca as uso, mas também me interesso pouco por modelos com grupos tão antigos que me parecem quase abstractos e até podem nem sequer ser correctos usar

Se calhar o problema que tens em acrescentar dados tem que ver com a formatação. No PAST tens de ter as coordenadas separadas por tab em vez de vírgulas, portanto o que eu faço é usar um editor de texto e substituir um por outro
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Jun 21, 2019 3:13 pm

O datasheet disponibilizado pelo David é com as coordenadas scaled ou unscaled? É que só encontro um datasheet disponível (Global 25 PAST datasheet).
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Jun 21, 2019 3:27 pm

Não sei de cor, mas com scaled a primeira coordenada dos Portugueses costuma ser 0.09 enquanto que em "unscaled" é 0.009 (portanto cerca de 10x maior, mais coisa menos coisa). Os plots que o David manda são scaled
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Jun 21, 2019 4:27 pm

Eurogenes Global 25  F17DL3o


PCA com algumas populações modernas da Europa (unscaled).
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Jun 21, 2019 4:36 pm

Deixem aí as vossas coordenadas se quiserem eu vos adicione ao PCA. Aqui vão as minhas:

Coordenadas Viriato:
 



Edit: As coordenadas quando abertas dão cabo do layout do fórum. Alguém sabe como remediar isso?


Last edited by Viriato on Fri Jun 21, 2019 5:01 pm; edited 3 times in total
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Jun 21, 2019 4:47 pm

Já agora, para quem está menos familiarizado com plots de PCAs, a posição de cada indivíduo ou referência muda consoante as amostras que estão no dataset. Pessoalmente gosto de meter vários Euroasiáticos ocidentais (Europa+Levante+West Asia+Caucasus), mas há quem preferira só Europeus ou Europeus e malta do Cáucaso.

Num plot com essas referências eu fico mesmo à esquerda da Cantábria (quase colado) mas com referências levantinas fico ligeiramente abaixo. Isto acontece porque eu tenho mais "north african" que a referência Cantábrica, e como o "north african" tem ADN em comum com o levante, eu acabo por ser ligeiramente puxado nessa direcção. Eu e todos os Ibéricos ocidentais
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeSat Jun 22, 2019 11:23 am

Eurogenes Global 25  EZR0y7q


PCA da minha namorada.
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeSun Jun 23, 2019 3:07 pm

For fun:



Code:
[1] "1. CLOSEST SINGLE ITEM DISTANCE%"
     rxavierflima       matiasnlima         joaoflima          Ruderico
        0.9318798         1.2333288         1.2830822         1.3192043
      Gil_Vicente elisabetenjoaquim      modeteftlima   armandoejoaquim
        1.4802365         1.9406700         2.0105969         2.1786693

[1] "distance%=0.8244"

         Lusitano

rxavierflima,47
Ruderico,18
joaoflima,16.6
Gil_Vicente,9.8
matiasnlima,8
MrsRuderico,0.6

Code:
[1] "1. CLOSEST SINGLE ITEM DISTANCE%"
     rxavierflima       matiasnlima           Viriato   elisabetenjoaquim
         1.435375          1.479324          1.480236          1.540876
        joaoflima   armandoejoaquim      modeteftlima          Ruderico
         1.610962          1.672573          1.787736          1.806931


[1] "distance%=1.1092"

         Gil_Vicente

Viriato,34.6
armandoejoaquim,27
rxavierflima,20.4
elisabetenjoaquim,16.4
Ruderico,1.6


Code:
[1] "1. CLOSEST SINGLE ITEM DISTANCE%"
      matiasnlima      rxavierflima           Viriato         joaoflima
         1.207642          1.264239          1.319204          1.777470
      Gil_Vicente elisabetenjoaquim      modeteftlima   armandoejoaquim
         1.806931          2.018291          2.322154          2.419938

[1] "distance%=1.0571"

         Ruderico

matiasnlima,47.8
rxavierflima,32.6
Viriato,16.4
MrsRuderico,3.2
Code:
[1] "1. CLOSEST SINGLE ITEM DISTANCE%"
 ermelindarcnunes      modeteftlima       MrsRuderico   armandoejoaquim
         2.068115          2.423943          2.538247          2.587238
elisabetenjoaquim         joaoflima       Gil_Vicente       matiasnlima
         2.742554          3.276385          3.431778          3.540466

[1] "distance%=1.9845"

         Trebaruna

ermelindarcnunes,73.2
MrsRuderico,26.8
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeTue Jul 02, 2019 9:59 am

Eurogenes Global 25  PbvoLxx


PCA do meu pai.
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Aug 23, 2019 10:54 am

Há novas samples Ibéricas no G25. Fiz um plot exclusivamente do SW Europeu, e vi os clusters. Meti-me só para comparação.
Sou virtualmente Asturiano, daí que eu tenha sempre resultados estranhos para Portugal, acho que o "mistério" está explicado - era basicamente falta de referências Astur-leonesas.

Eurogenes Global 25  G25iberiaaverage

Eurogenes Global 25  Euclidean-cluster




Plot "standard" do G25, com foco na península. Vocês estão todos incluídos.
Eurogenes Global 25  G25-westeurasia-iberiazoom






Só para verificar corri as coordenadas Asturianas no meu modelo do costume, o resultado é muito semelhante ao meu. Celtibero nos 80 e trocos, norte Africano próximo de 10, germânico a virtualmente 0, leste mediterrânico nos 7/8.

[1] "distance%=1.9147"

        Spanish_Asturias

Celtiberian,82.6
North_African,9.6
Roman_Imperial_proxy,4.8
Armenia_LBA,2.2
Suebi_proxy,0.4
Yoruba,0.4


[1] "distance%=1.9512"

        Ruderico

Celtiberian,81
North_African,9.8
Roman_Imperial_proxy,4.6
Armenia_LBA,3
Levant_Roman,0.8
Yoruba,0.8


[1] "distance%=1.0007"

Portuguese

Celtiberian,64.6
North_African,11
Suebi_proxy,9.8
Roman_Imperial_proxy,8.8
Armenia_LBA,3.6
Levant_Roman,2.2
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeWed Sep 04, 2019 5:10 pm

Postei isto no Anthrogenica, decidi meter aqui também para os que não andam a ir lá.




Decidi fazer algo um pouco diferente, para variar.

Não sei se sabem mas há uma nova ferramenta para fazer este tipo de modelos: https://vahaduo.github.io/vahaduo/
Funciona basicamente da mesma forma que o nMonte e o Oracle, vocês metem as coordenadas das referências que querem no modelo, metem as amostras que querem testar, e o algoritmo cospe um output qualquer. A grande vantagem é que o algoritmo é mais rápido (talvez seja menos preciso, não sei, no nMonte isso acontece), e consegue correr o mesmo modelo para um grande número de indivíduos ao mesmo tempo. O problema é que, contrariamente ao nMonte, o Vahaduo não tem penalidade. Isto não é problema para coordenadas "escaladas" (não usem pen nelas) mas como vocês sabem eu não sou fã delas porque usam uma versão distorcida da rawdata. Para coordenadas regulares, o problema é que o output acaba por sobrestimar as quantidades das referências mais distantes/exóticas porque elas não foram penalizadas.
Dou um exemplo feito no nMonte, primeiro com penalidade, depois sem penalidade. Lembrem-se que as quantidades de North African estimadas nos estudos científicos andam ali entre os 9 e 11% para nós:

[1] "distance%=0.8764"
Portuguese

Celtiberian_IA,31.4
Iberian_IA,30.6
FIN_Levanluhta_IA_o,10.4
North_African,10.4
Roman_Imperial_proxy,8.2
Armenia_LBA,5.4
Levant_Roman,3.6

[1] "distance%=0.7819"
Portuguese

Celtiberian_IA,28
Iberian_IA,27.8
Roman_Imperial_proxy,15
North_African,14
FIN_Levanluhta_IA_o,11.2
Armenia_LBA,4

A fit até pode melhorar, mas o resultado não vai de acordo com os valores estimados por estudos profissionais, daí que eu diga que uma fit melhor não implica necessariamente um modelo mais real. Isto é mais crítico quando se usam referências individuais, que podem ser muitíssimo boas para uma ou outra pessoa, mas a real razão ser desconhecida - tipo o Lombardo SZ30 comigo, ainda estou para saber porque esse me melhora tanto os fits..

Seja como for, aquilo que eu vou postar aqui é feito sem penalidade, portanto já sabem que as componentes mais exóticas vão estar sobrestimadas. Mas como o objectivo é uma representação visual, isso acaba por não ser grande problema porque até pode ajudar a ver diferenças. Lembrem-se é que está exagerado.
Para simplificar a representação decidi usar poucas referências no modelo: em vez de usar Celtiberos e Iberos como no anterior, meti apenas Celtiberos. Cortei o Armenia do modelo, e mudei a referência germânica para o outlier de Levanluhta (obrigado ao Anglesqueville pela dica, apesar de ele nunca ir ler isto) - parece um pouco estranho, mas aparentemente é uma boa amostra para servir de referência germânica. Meti Yoruba só para ver quem fica com mais disso, seja lá porque razão for..como é residual e apenas aparece em alguns, não vai atrapalhar a maioria dos plots.

Como o cluster Ibérico é um clusterfuck dos diabos vou postar da seguinte forma: primeiro meto um plot geral em que se podem ver as direcções dos clines de cada componente, e depois um zoom na maioria das amostras Portuguesas/Ibéricas para se conseguir perceber alguma coisa. Os Portugueses estão a Aqua, vocês são as bolas pretas - estão todos incluídos, claro, mas em alguns casos estão no meio da confusão e vão ter de procurar. Para esticar a coisa meti também todos os Franceses e Italianos do dataset do G25. A título de exemplo reparem que no primeiro plot o cluster Italiano tende todo para o proxy Romano, enquanto que os Franceses tendem para o Germânico. O modelo não é feito para eles, mas ajuda a ver as tendências, penso eu de que.
Finalmente, para verem a relevância de cada CP, vou postar a tabela. Reparem que PC1 e PC2 têm a maioria da informação.

Eurogenes Global 25  Eigenvalues



PC1-PC2 - mostra bem a tendência geral em três grupos: o Ibérico, o Germânico/Francês e o Romano/Italiano. As outras referências são pouco relevantes aqui, reparem que os seus clines (eixos a verde) são muito pequenos.
Eurogenes Global 25  Pc1pc2

Zoom
Eurogenes Global 25  Pc1pc2-zoom



PC1-PC3 - mostra melhor quem fica com maiores quantidades da componente Levantina, apesar desta estar quase colinear com o norte Africano. Sem surpresa os Judeus de Itália saltam todos à vista, mas um ou outro indivíduo não Judeu também se destaca, talvez pelo NAfr. Novamente lembrem-se que isto tem pen=0.
De resto é quase Ibéria para a direita, resto para a esquerda.
Eurogenes Global 25  Pc1pc3

Zoom
Eurogenes Global 25  Pc1pc3-zoom



PC3-PC4 - este destaca as partes Levantinas das norte Africanas. Enquanto que no plot anterior estas eram quase colineares, aqui já não. Os Judeus de Italia ficam todos na direcção Levantina, mas a tender um pouco para o Norte de África, porque também têm disso. Nós somos ao contrário. Os Italianos no cline Levantino são praticamente todos Sicilianos ou do Sul, ou outros estão todos no segundo quadrante porque não têm Levantino nem norte Africano.
Eurogenes Global 25  Pc3pc4

Zoom
Eurogenes Global 25  Pc3pc4-zoom


PC1-PC5 - o objectivo aqui é mesmo destacar o eixo do Yoruba que é vertical, e ver quem é que fica mais para lá. Como se pode ver na tabela inicial o PC5 contém pouca variância, não se assustem por ficarem mais para lá que não passam a ser mulatos.
Eurogenes Global 25  Pc1pc5

Zoom
Eurogenes Global 25  Pc1pc5-zoom
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeWed Sep 04, 2019 6:06 pm

Para complementar o post anterior, vou postar os resultados da malta daqui do burgo. Mesmo modelo que o anterior, primeiro com penalidade e depois sem, vai dar para ver como/quais as componentes que foram alteradas pela falta de penalidade. Há casos muito gritantes de pessoas (Trebaruna, Defski) que perdem a parte Romana para ser totalmente absorvida pelo Levantine..como disse antes, este modelo foi simplificado para a representação visual em cima, e sem penalidade vale o que vale..
Tentem mais ou menos adaptar a olhometro a diferença entre cada, por exemplo se o pen=0 vos der muito mais Levantino e menos "Romano" tenham isso em atenção nos plots acima.

Code:
,PC1,PC2,PC3,PC4,PC5,PC6,PC7,PC8,PC9,PC10,PC11,PC12,PC13,PC14,PC15,PC16,PC17,PC18,PC19,PC20,PC21,PC22,PC23,PC24,PC25
Roman_Imperial_proxy,0.0094,0.0146333,-0.0066,-0.0170667,0.0018667,-0.0057667,-0.0007667,-0.0016333,0.0004333,0.0084667,0.0043667,0.0039667,-0.0056,0.0004667,-0.0050333,-8e-04,0.0064333,-0.0008667,0.0035667,0.0005667,-0.0012333,0.0018333,0.0025333,0.0015,0.0013333
North_African,-0.00346,0.01294,-0.00062,-0.02128,0.01096,-0.01304,-0.01276,0.00358,0.03466,0.01676,0.00466,-0.004,0.01228,-0.01286,0.0171,-0.00984,0.00244,-0.01516,-0.03526,0.00832,-0.0108,-0.0305,0.01888,-0.00098,0.00386
Celtiberian_IA,0.011,0.0141,0.01725,0.00355,0.01885,0.0012,-0.00145,0.00195,0.01275,0.0192,-0.00135,0.0059,-0.0114,-0.0062,0.0079,5e-05,-0.00635,7e-04,-1e-04,-6e-04,0.0066,0.0019,-0.00575,-0.0098,-0.0051
FIN_Levanluhta_IA_o,0.0119,0.012,0.0221,0.0224,0.0154,0.007,-0.004,0.0022,0.0056,7e-04,7e-04,0.0017,-0.0074,-0.0099,0.0255,0.0089,-0.0035,0.0013,0.0096,0.0155,3e-04,-0.001,-0.0038,-0.0017,0.0045
Levant_Roman,0.007675,0.014375,-0.015275,-0.02705,-0.0036,-0.009975,-0.003325,-0.003225,0.0038,0.007275,0.001675,-0.006475,0.00865,-0.001925,-0.007075,0.007725,0.0013,-0.000925,0.002075,0.00265,-2e-04,0.003625,-0.0029,-7e-04,-0.004
Yoruba,-0.0553545,0.0061545,0.0058636,0.0051727,0.0001636,0.0044727,-0.0189,0.0207,-0.0239,0.0179818,0.0028455,0.0005273,0.0155091,0.0006909,0.0092273,-0.0072455,0.0054273,0.0003545,0.0047909,-0.0023909,0.0012455,0.0018727,-0.0014273,-0.0003909,-0.0003545



Code:
[1] "distance%=1.9585"

         Ruderico

Celtiberian_IA,78.4
North_African,10.6
Roman_Imperial_proxy,8.6
FIN_Levanluhta_IA_o,1.4
Levant_Roman,1


[1] "distance%=1.9325"

         Ruderico

Celtiberian_IA,72.2
Roman_Imperial_proxy,13.6
North_African,12.4
FIN_Levanluhta_IA_o,1.8
Code:
[1] "distance%=1.6727"

         MrsRuderico

Celtiberian_IA,59.2
North_African,15
FIN_Levanluhta_IA_o,11.6
Levant_Roman,7.8
Roman_Imperial_proxy,6.4


[1] "distance%=1.6495"

         MrsRuderico

Celtiberian_IA,56.8
North_African,18.8
FIN_Levanluhta_IA_o,11.6
Roman_Imperial_proxy,8.8
Levant_Roman,4


Code:
[1] "distance%=1.7671"

         rxavierflima

Celtiberian_IA,68.2
Roman_Imperial_proxy,14.6
North_African,11.2
FIN_Levanluhta_IA_o,5.2
Levant_Roman,0.4
Yoruba,0.4


[1] "distance%=1.729"

         rxavierflima

Celtiberian_IA,60.4
Roman_Imperial_proxy,20.8
North_African,12.8
FIN_Levanluhta_IA_o,6
Code:
[1] "distance%=1.176"

         elisabetenjoaquim

Celtiberian_IA,58.4
Roman_Imperial_proxy,13.2
FIN_Levanluhta_IA_o,11.2
North_African,10.6
Levant_Roman,5.2
Yoruba,1.4


[1] "distance%=1.1234"

         elisabetenjoaquim

Celtiberian_IA,53.4
Roman_Imperial_proxy,20.4
North_African,13.8
FIN_Levanluhta_IA_o,11.8
Yoruba,0.6
Code:
[1] "distance%=1.611"

         matiasnlima

Celtiberian_IA,64.2
North_African,13.2
FIN_Levanluhta_IA_o,9.6
Roman_Imperial_proxy,8.6
Levant_Roman,4
Yoruba,0.4


[1] "distance%=1.5536"

         matiasnlima

Celtiberian_IA,58.2
North_African,17.8
Roman_Imperial_proxy,13.6
FIN_Levanluhta_IA_o,10.4


Code:
[1] "distance%=1.7537"

         Lusitano

Celtiberian_IA,72.6
North_African,12.4
Roman_Imperial_proxy,10.6
Levant_Roman,2.8
Yoruba,1.4
FIN_Levanluhta_IA_o,0.2


[1] "distance%=1.7115"

         Lusitano

Celtiberian_IA,66.4
Roman_Imperial_proxy,18
North_African,14.4
FIN_Levanluhta_IA_o,0.6
Yoruba,0.6
Code:
[1] "distance%=2.238"

         Trebaruna

Celtiberian_IA,54.8
FIN_Levanluhta_IA_o,18.4
Roman_Imperial_proxy,9.4
North_African,9
Levant_Roman,8.4


[1] "distance%=2.2273"

         Trebaruna

Celtiberian_IA,55.2
FIN_Levanluhta_IA_o,19
Levant_Roman,16
North_African,9.8
Code:
[1] "distance%=1.7186"

         Pai_Lusitano

Celtiberian_IA,59.2
Roman_Imperial_proxy,19.8
FIN_Levanluhta_IA_o,7.8
Levant_Roman,7.4
North_African,3.8
Yoruba,2


[1] "distance%=1.6876"

         Pai_Lusitano

Celtiberian_IA,55.2
Roman_Imperial_proxy,32
FIN_Levanluhta_IA_o,7.4
North_African,3.6
Yoruba,1.8


Code:
[1] "distance%=1.6584"

         Gil_Vicente

Celtiberian_IA,66.8
Roman_Imperial_proxy,13
FIN_Levanluhta_IA_o,6.6
North_African,6.2
Levant_Roman,3.8
Yoruba,3.6


[1] "distance%=1.6333"

         Gil_Vicente

Celtiberian_IA,63.2
Roman_Imperial_proxy,20.6
FIN_Levanluhta_IA_o,6.4
North_African,5.8
Yoruba,4


Code:
[1] "distance%=1.7962"

         Defski

Celtiberian_IA,69.2
North_African,11.2
Roman_Imperial_proxy,8.8
Levant_Roman,8.2
FIN_Levanluhta_IA_o,2.6


[1] "distance%=1.7653"

         Defski

Celtiberian_IA,67.2
Levant_Roman,16
North_African,13.2
FIN_Levanluhta_IA_o,3.6
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Defski



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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeWed Sep 04, 2019 10:39 pm

Obrigado Ruderico, excelente, a parte Romana foi completamente absorvida pelo Levantine, não ficou mesmo nada.
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Ruderico

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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeThu Sep 05, 2019 10:39 am

Defski wrote:
Obrigado Ruderico, excelente, a parte Romana foi completamente absorvida pelo Levantine, não ficou mesmo nada.

Sim, mas é obviamente um artifício do algoritmo, porque não faria sentido nenhum não teres herança do período Romano e uma enorme fatia Levantina. O teu caso é dos mais afectados, já sabes que quando olhas para os plots tens de dar o devido desconto, a tua porção "real" (salvo seja, é só um modelo) do Levante é cerca de metade da que aparece ali, mas para compensar tens de acrescentar os tais 8/9% da parte "Romana".

Eu bem gostava de poder fazer isto com penalidade, mas enquanto o Vahaduo não tiver nem me atrevo, porque este plot tem umas 300 amostras e não há pachorra para correr o modelo um a um
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitimeFri Sep 20, 2019 9:06 pm

Resultados Global 25

Code:
Endovelicus_scaled

Distance: 3.7220% / 0.03722025
Aggregated

29.4 Anatolia_Barcin_N
27.2 Anatolia_Tepecik_Ciftlik_N
26.4 Yamnaya_RUS_Samara
10.8 WHG
3.4 MAR_Iberomaurusian
2.2 Yoruba
0.6 Gambian
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PostSubject: Re: Eurogenes Global 25    Eurogenes Global 25  I_icon_minitime

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