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 Tutorial nMonte

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Viriato

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PostSubject: Tutorial nMonte   Tutorial nMonte I_icon_minitimeSat Jul 06, 2019 10:19 pm

1. Primeiramente instalar o programa, o qual pode ser encontrado aqui:

https://cran.r-project.org




2. Depois de instalado, ir aos programas do explorador de ficheiros do windows e procurar pela pasta "R"; de seguida a pasta "R-3.6.0". Copiar todos os ficheiros neste link para essa mesma pasta: https://www.dropbox.com/sh/1iaggxyc2alafow/AACIjLtnkuaNNsJ5oKME_3XHa?dl=0




3. De seguida iremos criar dois documentos no bloco de notas (notepad). Um iremos nomear de "target" e o outro de "data" (ver imagem)

Tutorial nMonte U0n5pPm




4. No documento "target" iremos colar e gravar as nossas coordenadas G25. No documento "data" iremos colar e gravar as coordenadas G25 das samples que queremos comparar os genomas com os nossos.

Existem dois tipos de coordenadas que nos são fornecidas pelo David: escaladas e não escaladas. As escaladas normalmente dizem "scaled" enquanto as não escaladas não estão identificadas. As coordenadas no documento "target" e "data" deverão estar sempre em sintonia: se as coordenadas do "target" forem escaladas então as coordenadas inseridas no "data" deverão sê-lo também e vice-versa.




5. Depois de gravado nos documentos do bloco de notas "target" e "data" as coordenadas que pretendes copia e cola os mesmos para a pasta "R-3.6.0" (ver imagem)

Tutorial nMonte Yad9ZMJ




6. De seguida vamos abrir o nMonte (R)




7. Ir a "file" e "change directory" (ver imagem)

Tutorial nMonte RV8IX4D




8. Escolher a pasta "R-3.6.0" e clicar "OK" (ver imagem)

Tutorial nMonte QBpB2J5




9. Copia\cola na janela de comando do nMonte (ver imagem):

source('nMonte3.R')

Depois de introduzida a linha de comando, clicar na tecla "Enter".

Tutorial nMonte UTXrFuT





10. De seguida copia\cola (ver imagem):

getMonte('data.txt', 'target.txt')

Clicar "Enter" novamente

Tutorial nMonte WYaUK2x




11. Agora é só aguardar pelos resultados (entre 15 a 30 segundos por norma).
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Viriato

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PostSubject: Re: Tutorial nMonte   Tutorial nMonte I_icon_minitimeSat Jul 06, 2019 10:26 pm

Criei este tutorial para o Defski uma vez que ele já tem as suas coordenadas G25 mas nunca havia usado o nMonte.

Defski, se tiveres alguma dúvida diz. Esqueci-me de dizer que quando introduzires as tuas coordenadas no bloco de notas não pode haver qualquer espaço entre as vírgulas e números. Tem de ficar tipo isto:

Tutorial nMonte Mp4ETy0
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CKMordi

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PostSubject: Re: Tutorial nMonte   Tutorial nMonte I_icon_minitimeMon Jul 15, 2019 3:06 am

Hey, before I pull out google translate and try my hand at this, I need to know if this will help me use the coordinates you guys post once in a while, or if this is another program/calc.
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Viriato

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PostSubject: Re: Tutorial nMonte   Tutorial nMonte I_icon_minitimeFri Jul 19, 2019 5:05 pm

CKMordi wrote:
Hey, before I pull out google translate and try my hand at this, I need to know if this will help me use the coordinates you guys post once in a while, or if this is another program/calc.

Sorry for the late reply, I have been absent lately. Yes, this tutorial is intended for those who want to use their G25 coordinates with R\nMonte.
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PostSubject: Re: Tutorial nMonte   Tutorial nMonte I_icon_minitimeFri Jul 19, 2019 5:13 pm

Viriato wrote:
CKMordi wrote:
Hey, before I pull out google translate and try my hand at this, I need to know if this will help me use the coordinates you guys post once in a while, or if this is another program/calc.

Sorry for the late reply, I have been absent lately. Yes, this tutorial is intended for those who want to use their G25 coordinates with R\nMonte.

It's cool. I hope everything is ok.

I've always wanted to try my hand at that. Very Happy
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PostSubject: Re: Tutorial nMonte   Tutorial nMonte I_icon_minitime

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