1. Primeiramente instalar o programa, o qual pode ser encontrado aqui:
https://cran.r-project.org
2. Depois de instalado, ir aos programas do explorador de ficheiros do windows e procurar pela pasta "R"; de seguida a pasta "R-3.6.0". Copiar todos os ficheiros neste link para essa mesma pasta:
https://www.dropbox.com/sh/1iaggxyc2alafow/AACIjLtnkuaNNsJ5oKME_3XHa?dl=0
3. De seguida iremos criar dois documentos no bloco de notas (notepad). Um iremos nomear de "target" e o outro de "data" (ver imagem)
4. No documento "target" iremos colar e gravar as nossas coordenadas G25. No documento "data" iremos colar e gravar as coordenadas G25 das samples que queremos comparar os genomas com os nossos.
Existem dois tipos de coordenadas que nos são fornecidas pelo David:
escaladas e não escaladas. As escaladas normalmente dizem "scaled" enquanto as não escaladas não estão identificadas. As coordenadas no documento "target" e "data" deverão estar sempre em sintonia: se as coordenadas do "target" forem escaladas então as coordenadas inseridas no "data" deverão sê-lo também e vice-versa.
5. Depois de gravado nos documentos do bloco de notas "target" e "data" as coordenadas que pretendes copia e cola os mesmos para a pasta "R-3.6.0" (ver imagem)
6. De seguida vamos abrir o nMonte (R)
7. Ir a "file" e "change directory" (ver imagem)
8. Escolher a pasta "R-3.6.0" e clicar "OK" (ver imagem)
9. Copia\cola na janela de comando do nMonte (ver imagem):
source('nMonte3.R')
Depois de introduzida a linha de comando, clicar na tecla "Enter".
10. De seguida copia\cola (ver imagem):
getMonte('data.txt', 'target.txt')
Clicar "Enter" novamente
11. Agora é só aguardar pelos resultados (entre 15 a 30 segundos por norma).